Согласно пунктам 1 и 4 постановления Правительства Российской Федерации от 15 июля 2013 г. № 594 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по надзору в сфере образования и науки» Рособрнадзор является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере образования и науки, непосредственно и через подведомственные ей организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями. 
При этом Рособрнадзор не имеет в своей структуре территориальных органов в субъектах Российской Федерации, подведомственных органов, а также не является учредителем образовательных организаций и средств массовой информации.

В ведении Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки находятся следующие организации:

• ФГБНУ «ФИПИ»
• ФГБУ «ФЦТ»
• ФГБУ «Главэкспертцентр»
• ФГБУ «Росаккредагентство»
• ФГБУ «ФИОКО»
• ФГАНУ «ЦИТиС»